Selv om Elizabeth 1's regeringstid skulle blive husket som glorværdig, var der i alle årene trusler mod hende. Den største kom fra hendes kusine, den katolske dronning Mary af Skotland, der i modsætning til Elizabeth havde giftet sig og fået en søn og arving. Da dronning Mary efter en skandale flygtede til England og søgte beskyttelse hos sin kusine, spærrede Elizabeth hende inde i årevis, før hun i 1587 dømte hende til døden. Men Marys henrettelse opflammede Elizabeths fjender og udløste den støreste trussel af alle: en fremmed invasion.