Staffel 3 knüpft dort an, wo das Cliffhanger-Finale der letzten Staffel aufgehört hat: Die Galactica-Crew entdeckt einen bewohnbaren Planeten, doch die Dinge werden noch komplizierter, als die Zylonen, angeführt von Caprica Six und Sharon, den Planeten finden und der Menschheit einen atemberaubenden Friedensvorschlag unterbreiten.