Después de que los otros investigan el tercer piso recién abierto, que contiene una sala de recreo, una sala de arte y un laboratorio de física, Monokuma anuncia su próximo incentivo: una recompensa en efectivo de 10 mil millones de yenes a quien se gradúe, aunque nadie parece caer en ello. Posteriormente, la pandilla descubre una computadora portátil, que Chihiro había dejado en el vestuario de los baños, que contiene un programa de IA llamado Alter Ego, que se ofrece para ayudar a descifrar algunos archivos que quedan en la computadora portátil. Cuando Kiyotaka le pregunta a Alter Ego si lo culpa por la muerte de Chihiro, imita a Mondo para darle palabras de aliento, demostrando ser demasiado exitoso. Luego, Alter Ego muestra una foto curiosa de Leon, Chihiro y Mondo colgando juntos, lo que no podría haber sido posible durante el tiempo que se conocen. Después de que Kyoko toma precauciones siguiendo algunos intereses poco saludables de Kiyotaka y el artista de doujin Hifumi Yamada, Alter Ego desaparece de repente, lo que lleva a Byakuya a sospechar que puede haber un lunar entre su grupo. A la mañana siguiente, Makoto, Kyoko, Aoi y Sakura se encuentran con Celestia, que dice haber sido atacada por alguien disfrazado de robot que tomó a Hifumi como rehén. Después de encontrar a Hifumi herido en la biblioteca y llevarlo a la enfermería, la pandilla se dividió en grupos para buscar al perpetrador. Mientras el grupo de Byakuya persigue al perpetrador, el grupo de Makoto regresa a la enfermería y descubre a Hifumi tirado en un charco de sangre, con el anuncio de "descubrimiento de cadáver" de Monokuma que sugiere que ha sido asesinado. Makoto se apresura a informar al otro grupo en el almacenamiento del laboratorio de física, donde descubre que Kiyotaka ha sido asesinado también. Al regresar a la enfermería, el grupo encontró que el cuerpo de Hifumi había desaparecido, y luego descubrió que el cuerpo de Kiyotaka también había desaparecido. Al descubrir los cuerpos en la sala de suministros de arte, Hifumi aparentemente vuelve a la vida, afirmando que pudo haber conocido a todos antes y dejar atrás el nombre 'Yasuhiro' antes de morir, momento en el que la alerta de 'descubrimiento de cadáver' se reproduce por segunda vez.