De retour à Edo deux ans après son départ, Gintoki rencontre pour la première fois Shinpachi après de multiples péripéties. Toutefois, le samouraï aux cheveux argentés continuent de cacher son identité à ses proches. Pendant ce temps, Kondo est sur le point de se marier avec la princesse Bubbles, avec qui il aurait eu un enfant, Junior. Mais pendant leur cérémonie de mariage, un invité surprise débarque : le vrai père de Junior !