Yukine a du mal à se faire à sa vie de shinki, surtout au service d'un dieu errant comme Yato ! Fouiller les poubelles pour s'habiller et dormir dans des temples inoccupés tout en étant complètement ignoré par les mortels ne plait guère au jeune garçon. Sa première mission arrive bientôt quand Tenjin, le dieu des études, demande à Yato de s'occuper d'un affaire de suicides causés par un fantôme.