Il dottor Kabuto rivela a Shiro di essere il padre che tanto ha desiderato. Il ragazzo non crede alle sue parole poiché ricorda che i suoi genitori morirono durante un esperimento e lui rimase orfano insieme al fratello Koji. Durante un momento di apparente tranquillità un nuovo mostro attacca la città. Mazinga entra in azione ma incontra subito molte difficoltà; è il turno di Venus che non riesce a ottenere migliori risultati. Anche Boss Robot giunge sul campo di battaglia ma il suo intervento è irrilevante; nel mentre, la Fortezza delle Scienze viene attaccata da Mikeros e dalla Base Avanzata della Marchesa Yanus. Ma quando la base sta per cedere, il Grande Mazinga si libera dalla trappola nemica ed insieme a Venus mette in fuga il nemico. Il professore, ferito nella battaglia, rivela la sua natura meccanica al figlio Shiro che comprende la verità e si rappacifica col padre che gli è tanto mancato.