Thor: End of Days draait om Thors voortdurende conflict met Loki en Loki's onverzadigbare honger naar macht. Wanneer Loki uit Asgard ontsnapt met de bedoeling de mensheid te veroveren, heeft alleen Thor, de God van de Donder, de kracht om hem tegen te houden en het Einde der Dagen te voorkomen.