Бата је рођен у Београду 11. августа 1934. године у породици Алексе Стојковића, угледног предратног велетрговца дрвима и угљем. Одрастао је на Чубури, уз рођеног брата Жику, потоњег познатог београдског интелектуалца и публицисту. Живео је у Београду са супругом Олгом. Један од пресудних тренутака у каријери Бате Стојковића је била представа из 1953. године, на Пашином брду у којој је играо у Чеховљевој представи „Крчма на главном друму”. У публици је био и Добрица Милутиновић, који је након представе пришао Бати и узбуђено му рекао: „Ти си, сине, још у мајчиној утроби постао глумац.” На Факултету драмских уметности у Београду га је примио Томислав Танхофер, а дипломирао је код Јосипа Кулунџића 1959. године, улогом Ђорђа Црнојевића из Јакшићеве „Јелисавете” и Капетана ватрогасца из „Ћелаве певачице”. Остварио је велики број улога на филму и у позоришту. Најпознатије су му улоге у филмовима Ко то тамо пева, Маратонци трче почасни круг и Балкански шпијун, за које је награђиван бројним наградама. Преминуо је 16. марта 2002. године, у 68. години после тешке болести, а његова урна је након кремације смештена у розаријум београдског Новог гробља.