Це продовження фільму Ґанц, створеного на основі однойменної манґи. Пройшло п'ять місяців з подій описаних в першому фільмі. Кей зібрав команду і виконує завдання Ґанца в надії повернути Като до життя. Разом з Коджіма Таєю він наглядає за молодшим братом Масару, для цього навіть влаштувався на роботу. На цей раз учасники гри зтикаються з новими ворогами - "Прибульцями в чорному", які зовні не відрізняються від людей. Ці прибульці набагато сильніші та швидші за людей, мають високі регенеративні здібності та можуть з власного тіла отримувати зброю, як наприклад пістолети чи катани. На відміну від попередніх цілей, "прибульці в чорному" проявляють агресію та намагаються знищити Ґанца та все що з ним пов'язано. Паралельно з основними подіями, розповідається історія японського детектива поліції, який розслідує череду загадкових подій. Він знаходить матеріали про зниклих людей, які повинні були померти, але живі, та про випадки руйнування по всьому Токіо.