Le SeaQuest découvre un vaisseau spatial d'environ un million d'années sous la mer. Un équipage, comprenant Scott Keller monte à bord. Les ondes qui sortent du vaisseau rendent l'équipage malade. Darwin parvient à comprendre ce que lui disent les extraterrestres. À l'époque ou ils étaient arrivés sur terre, les dauphins étaient les animaux, les plus intelligents.