Après avoir entendu une explosion d'où sont leurs amis, Sho et Mizuki courir en arrière pour trouver un grand trou qui ressemblait il était d'une explosion. Parmi les décombres était Guyot lui - même. Zoanoids sont maintenant envoyés à larecherche des survivants. Mizuki et Sho vont se cacher dans une grotte, où les questions Sho pourquoi il ne peut pas se transformer en Guyver. Aptom , déguisé en Guyver III, explique Sho pourquoi il est dans cet état et ce qui est arrivé dans l'incident Enzyme II passé avec son père. Un Sho traumatisé doit recueillir le courage de protéger Mizuki et lui - même.