Yui Kusanagi, une lycéenne normale, a vécu une vie normale dans le sanctuaire avec ses parents et ses frères, jusqu'à ce qu'elle tombe sur une étrange épée rougeoyante dans le magasin. En le touchant, elle est transportée dans un autre monde parallèle sous la forme d'une école entourée de beaux jardins, avec l'épée miniaturisée comme un pendentif autour du cou. Zeus, le roi des dieux et créateur de cet univers, lui dit que le lien entre les dieux et les humains, une fois intimes, a commencé à s'affaiblir, ce qui ne fera que provoquer un désastre dans le futur. Pour éviter un avenir terrible, Zeus charge Yui d'enseigner le cœur humain aux 8 dieux rassemblés ici dans cette école.