In het jaar 2043 werd Infinite Dendrogram, 's werelds eerste succesvolle full-dive VRMMO, uitgebracht. Naast het vermogen om de vijf zintuigen perfect te simuleren, samen met de vele andere geweldige functies, beloofde de game spelers een wereld vol oneindige mogelijkheden te bieden. Bijna twee jaar later kan de aanstaande eerstejaarsstudent Reiji Mukudori eindelijk een exemplaar van het spel kopen en beginnen met spelen. Met wat hulp van zijn ervaren oudere broer, Shuu, en zijn partner Embryo, begint Reiji aan een avontuur in de wereld van Infinite Dendrogram.