九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所,她拜托小五郎帮她重新调查丈夫著名魔术师九十九元康的死因,一行人来到九十九家中,见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士,简单的照面之后,他们来到元康的死亡现场——地下室,柯南仔细进行现场勘查,发现了电话上一串奇怪的数字,期间,小兰对柯南起了疑心,而暗中观察他,但柯南毫无意识。 破解密码后,元康留下的线索居然是……案件解决之后,小兰找借口把柯南带到了工藤家,并戳穿柯南就是新一的身份,这时,工藤的母亲有希子从美国回来,在她的帮助下,柯南逃过了小兰的质问。 次日,有希子带柯南来到乡下,原来她是受儿时朋友广美所托,来鉴别刚从巴西回来的叔父义房的「真假」,晚上,义房说他早就知道大家的怀疑,并从身上拿出一封恐吓信。 柯南用自己的方式证实了义房身份并未伪造,经过院子的时候,广美和有希子谈起了15年前自己母亲从这里落井死亡的事,突然,柯南看到了木门那边有个可疑人影。当晚,大家轮流洗澡时,去外面加柴的广美发出叫声,她看到了可疑人影,并在古井发现了二妈真知子的尸体,而家里的汽车也莫名被停到了森林。这时,薮内家的律师赶来宣读遗嘱,期间,义房差点被人蓄意设计的十字弓杀死。 柯南向大家分析凶手是有目的的要杀某个人,这时,警察说他们在木柴那里找到了一盒磁带和包有雨衣的凶器,听过磁带之后,柯南揭穿了想要杀死义房的凶手敬子,但当问及真知子的死亡时,敬子却矢口否认,柯南说凶手确实不是敬子而是另有其人,还没待他讲完案件,那个鬼鬼祟祟的墨镜男出现了,他居然是……